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Sur les six zones biogéographiques que compte l'Europe, le Pays Basque en possède trois :

1. Le domaine atlantique
2. Le domaine alpin
   
3. La région méditerranéenne

Domaine atlantique

Le domaine atlantique qui comprend l'étage collinéen est celui des chênes pédonculés (Quercus robur)sur substrat riche et des chênes tauzins (Quercus pyrenaica) sur substrat pauvre et pierreux, avec ses milieux de substitution que sont les landes et les prairies. Les milieux naturellement ouverts sont les tourbières, les pelouses maritimes (sur sables, sur roche ou sur vases) et les surfaces en eau (rivières, lacs).

Domaine alpin

Le domaine alpin se distingue en étage montagnard (hêtraie-sapinière sur les versants nord des Pyrénées, pinède sylvestre au sud), étage subalpin (pinède à crochet Pinus uncinata et landines ou lande à Rhododendron ferrugineum) et étage alpin (pelouses d'altitude) et étage nival (biotope essentiellement minéral de roche et de neige).

Région méditerranéenne

La région méditerranéenne est à l'origine couverte de forêts caducifoliées, sempervirentes, yeuseraie (chêne vert Quercus ilex) et pinèdes d'Alep, localement de suberaies (chêne liège Quercus suber) quand le susbtrat est siliceux.
Les habitats végétaux de substitution sont les garrigues (plusieurs types : à chênes kermès, à thyms et romarins) et les pelouses à bragalou (Aphyllanthes monspeliensis), les maquis, végétation haute, couvrent les terrains moins calcaires.