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Qu'ils soient vertébrés et invertébrés, les animaux nécessitent un habitat naturel particulier à leur espèce pour se reproduire, se protéger et se nourrir. Chaque espèce a des besoins différents de telle manière que les espèces indigènes ne sont concurrentes ni pour le gîte, ni pour la ressource trophique. Chacune a sa propre niche écologique.

Les invertébrés

Les invertébrés du Pays Basque (papillons, libellules, coléoptères, mollusques, arachnides, crustacés…) comprennent un certain nombre d’espèces endémiques, notamment en milieu souterrain où la spéciation a été poussée à son extrême (dépigmentation, métabolisme lent et faible reproduction échelonnée dans le temps).

Papillon appartenant à l'espèce Cuivré commun- Photographie réalisée à Arcangues par Pascal Arlot

Ces animaux, de petite taille à quelques exceptions près, objets de prédation, ont un potentiel de reproduction important et de grandes exigences écologiques en milieu aquatique et terrestre.

Ainsi, à titre d'exemple, une chenille de papillon ne se nourrit souvent que d'une famille voire d'une espèce précise de plantes). La chenille du Cuivré commun (papillon en photo ci-contre) se nourrit de plantes du genre de l'oseille (Rumex ssp.). 

Les vertébrés

Les vertébrés (mammifères, oiseaux, reptiles, amphibiens et poissons) comptent les animaux les plus évolués. A cause de leur plus grande mobilité, l'endémisme y est rare, souvent confiné aux îles ou chaînes de montagnes isolées.

Couleuvre de l'espèce Natrix natrix - Urt - 2003 (photo : Pascal Arlot)

Leurs déplacements vont de quelques centaines de mètres (certains amphibiens, tortues aquatiques) à plusieurs milliers de kilomètres (oiseaux et poissons migrateurs, tortues marines).

Plusieurs espèces, fleuron naturaliste du Pays Basque, s'illustrent aujourd'hui tristement par leur raréfaction et leur impact médiatique grandissant : l'ours brun (Ursus arctos), le vison d'Europe (Mustela lutreola), le gypaète (Gypaetus barbatus), le saumon atlantique et autres espèces amphibiotiques.

D'autres dans le même cas souffrent de méconnaissance : le desman des Pyrénées (Galemys pirenaica), la grenouille des Pyrénées (Rana pyrenaica), les rhinolophes (Rhinolophus ssp.), la vipère de Séoane, le milan royal (Milvus milvus), le pic à dos blanc (Dendrocops leucotos) pour n’en citer que certains...

Le golfe de Biscaye compte une grande diversité d'espèces de poissons (plus de 800 espèces) et de cétacés (jusqu'à 27 espèces observées, la majorité très rares) dont quelques petites d'intérêt scientifique vivent, selon les espèces, de la surface aux domaines abyssaux (pour combien de temps ?).
La baleine de Biscaye (Eubalaena glacialis) a bien été décimée par la pêche : il ne reste plus que quelques centaines d'individus, amenant cette espèce au rang du cétacé le plus menacé de disparition de la planète.